《终极笔记》讲述了云顶天宫之后的故事情节，电视剧中的吴邪几个人已经从三叔口中得知了西沙海底的隐情，并查清楚了战果帛书和老九门的恩怨，几个人还收到了张起灵从格尔木寄来的录像带

一开始的几个人只是对三叔的经历感兴趣，但是看到了涉密的录像带以后，几个人发现自己已经被卷入到了一场惊天大阴谋，因此吴邪只身前往了格尔木疗养院，并在疗养院偶遇张起灵，随即几个人组成六人小队，并在西王母的宫中发现了神秘的陨玉，面对三叔的突然失踪，几个人不知所措，在张起灵失忆的这段时间里，他们发现张家古楼是事情的关键，然而裘德考势力的突然出现，使得吴邪几个人的线索被断，在走投无路之时，霍老太突然出现，与几个人联手，帮助他们前往张家古楼寻找事情的真相。