江户时期，异星人突袭地球，地球人和异星人之间爆发了战斗，众多的武士都来参与这一场战斗，幕府认识到异星人具有极为强大的实力，幕府甚至将所有武士的刀夺走了，自此幕府成为傀儡政权

在外星一族降临到地球之后，人类一度变成了二等公民，而三个曾经引起反抗外星人的伙伴们，在岁月的流逝之后，也有着不同的境遇。坂田银时每天晃晃悠悠的，不做什么正经事务，成立了自己的万事屋，什么业务都接。桂小太郎则继续组织着对抗异族的力量，延续着和异族的抗争。高杉晋助却对这个世界充满着憎恨，为了将这个世界毁灭，几乎不择手段。突然出现的妖刀“红樱”杀人的事件，把这三个曾经并肩战斗过的伙伴再次联系在了一起。