故事发生在1964年的纽约布朗克斯区，圣尼古拉斯天主学校是一所由修女阿洛伊修斯·贝维尔（梅丽尔·斯特里普饰）严格管理的教会学校。这里的纪律严明，学生来自虔诚的天主教家庭，一直以来都受到着严格的教条制约。然而，当一位名叫布伦丹·弗林的神父（菲利普·塞默·霍夫曼饰）来到学校时，一切都发生了变化。

弗林神父的教学风格与阿洛伊修斯修女的严格教条截然不同，他注重轻松的氛围，试图用温和的方式教育孩子。这让阿洛伊修斯修女感到震怒，两者的冲突逐渐升级。然而，更令人担忧的是，弗林神父似乎对一名黑人学生唐纳德表现出特殊的关注，引发了修女詹姆斯（艾米·亚当斯饰）的怀疑。

虽然修女詹姆斯没有直接的证据，但她将自己的怀疑告诉了校长阿洛伊修斯，并引发了一场真相与信仰之争。阿洛伊修斯修女坚信弗林神父有罪，尽管她找不到确凿的证据。两者之间的紧张关系逐渐升温，演变成一场没有硝烟的战争，牵涉到信仰、道德和权威的深刻问题。