《命运石之门0》讲述β世界线的主人公冈部伦太郎跨越无数次的苦难和悲哀，只为了拯救自己心爱之人的故事，在动漫中不断失意的冈部伦太郎，一直都在担心着自己的同伴们，并总在幻想一旦自己没能拯救真由里，世界将会变得怎样，故事围绕零之物语展开

动漫一开始，便讲述了围绕着好几条故事线陷入彷徨的冈部伦太郎。冈部伦太郎终于放弃了决定把牧濑红莉栖从死亡命运中救回的想法，决定再一次回到大学开始上课的伦太郎，每天在平凡的日常里生活，即便如此，他的心里还是想着红莉栖和真由里，冈部伦太郎因此坚持去心理诊所，穿上白大褂以后，他的真面目仿佛也被封印了。冈部伦太郎主席了维多利亚大学的教授主讲的研讨会，在这里发现了“将人的记忆数据化保存起来”的构想，并联想到这是自己助手曾经提出过的东西。