《九州缥缈录动画版》是一部令人热血沸腾的少年英雄成长史，以虚拟的“九州”世界为背景，讲述了吕归尘、姬野、羽然等少年在历经磨砺与坎坷后，如何执着奋斗、携手互助，最终成长为成熟的英雄，并在这一过程中，绽放出撼天动地的友情和爱情。

故事以北陆青阳部世子吕归尘的质子身份为起点，他来到东陆，结识了一直不被自己的父亲喜爱的庶子姬野，以及因避难而来的羽族公主羽然。三位少年在太子学院中因身份问题遭受着各种针对和挑战，但他们在相互帮助和共同拯救的过程中，逐渐建立起深厚的友谊。同时，羽然开朗活泼的个性也悄悄地赢得了吕归尘和姬野的倾慕，青涩的爱情在他们之间悄然萌芽。

然而，故事并不仅仅是青涩的友情和爱情。当离国霸主赢无翳与天子以令诸侯之际，吕归尘、姬野、羽然等一众少年决定追随一代忠将息衍，挺身而出，发起正义之师，迎战殇阳关的危机。他们毫不畏惧，奋不顾身，成长为一代领袖，引领着众人一同迎接挑战。

然而，在殇阳关之战的背后，隐藏着更大的阴谋和挑战，少年们面临着巨大的考验。在危难之际，他们奋不顾身，不仅捍卫了自己的信仰，也成长为一代英雄，为正义而战，最终揭开了阴谋的面纱。