本片讲述的是从无印片中，小智是新手训练家，拥有一只喜形于色而不愿到精灵球里的皮卡丘，是在大木博士这里收获，由此离开真新镇的小智，前往关都地区附近实行他的旅行，自从得到皮卡丘的信任，小智积极的实行他的旅行在各个道馆挑战，加入宝可梦联盟，在旅行途中两位益友良师小霞与小刚加入小智，从石英大会加入以后，大木博士委托小智去往橘子群岛，小智在内木博士那里把GS球获得，小刚就先留在了内木博士家里，随后小智在旅行途中加入橘子联盟参赛，之后遇到了宝可梦观察家的小建，便和他一起同行，到达真新镇以后，大木博士不能理解无法将GS球开启，就此小建留下做为他的助手，一起探解，之后将小智，小霞，小刚派去城都地区，到达桧皮镇，想将GS球交给钢铁先生，随后几人一起参加宝可梦城都联盟大