《第十二秒》讲述刑警赵亦晨怀孕六个月的妻子突然失踪，只留下一通11秒长度报警电话的故事。在9年之后，赵亦晨通过一通警告来电，找到了一户陌生的人家。在这里发现自己的妻子已经死亡一年时间，为自己留下了因为身患抑郁症而不能说话的女儿，妻子的死因奇怪，她的身份也成为不解之谜，即便如此，赵亦晨也决定照料自己的女儿

在调查真相的过程中，赵亦晨发现许多令人吃惊的秘密。比如自己的妻子真名不叫胡珈瑛，而叫做许菡。许菡和自己的双胞胎妹妹一同被许家收养，许菡害怕许家的非法势力，抛弃妹妹逃跑，却落到毒贩手中。逃离以后，许菡改名为胡珈瑛。赵亦晨还了解到许菡妹妹许涟的丈夫叫做杨骞，杨骞为了守住许家的秘密，错误将假扮成许菡的许涟杀害，一桩离奇的案件逐渐浮出水面。