《DOLL 透明少女》是一部关于清太郎的故事的电影。清太郎过着被他的母亲若菜严格监视的日常生活，对此感到不满。直到有一天，一尊精致制作的娃娃送到了他的身边，他给她取名为"Non-chan"并对她呵护备至

故事中的"Non-chan"是一个透明的少女娃娃，她拥有惊人的逼真度和细腻的情感表达能力。她不仅能够模仿人类的动作和表情，还能够理解和回应清太郎的情感需求。这个特殊的娃娃给清太郎带来了无限的快乐和陪伴，填补了他内心的孤独和不满。

随着清太郎与"Non-chan"的相处，他逐渐发现这个透明少女娃娃背后隐藏着一个神秘的秘密。他开始怀疑这个娃娃的真实身份和制作者的动机。同时，他也对自己与"Non-chan"之间的关系产生了深深的思考。他意识到，虽然"Non-chan"给了他温暖和陪伴，但她始终只是一个人造的存在，缺乏真实的情感和生命力。