电影《CRISIS公安机动搜查队特搜组》讲述了一个直接听命于警察厅警备局长的秘密部队——公安机动搜查队特搜组，他们的任务是解决巨恶以及政治等各方面的问题，化解危机，维护社会的平稳安宁。 现代社会充满了各种令人难以想象的危机和事件，这些威胁着社会的安全和稳定。为了迎接这些挑战，警视厅成立了特搜组，专门负责处理机密的政治案件，有时甚至需要涉及国家和政府的“贪污案”。在这个部队中，有着各种背景和特长的成员，他们共同努力，用智慧和勇气来对抗危险。 稻见朗（由小栗旬饰演）是其中一员，他曾是自卫队的一员，但在一次特殊任务中受到深刻的心理伤害，最终被开除。为了隐藏自己内心的伤痕，他装作开朗不羁的外表，但实际上内心充满了挣扎和痛苦。与他完全不同的是，田丸三郎（由西岛秀俊饰演）是个认真且要求极高的人，他曾在公安部外事课工作，负责揭发间谍和监视潜入新兴宗教团体的协力者。然而，由于某个事件，他被调到了特搜组，开始了新的使命。
